O Museu de História Natural de Alta Floresta surgiu de um projeto de pesquisa da Universidade do Estado de Mato Grosso – UNEMAT no ano de 2000.A partir de 2001, com o aporte de recursos do Fundo Estadual de Cultura – Lei de Apoio a Cultura e apoio da Prefeitura Municipal de Alta Floresta, foi edificada a sua sede, com cerca de 1.100 metros quadrados de área construída,cuja construção concluiu-se em 2005.A efetiva entrada em operação do Museu deu-se no segundo semestre de 2007, com a disponibilização do acervo para visitação pública, além de outras estruturas como auditório, laboratório, lojinha, sala de oficinas, biblioteca setorial, reserva técnica, etc.O Museu tem como linhas básicas de ação: popularização das ciências, educação patrimonial, educação ambiental e a economia popular.